1、成立領(lǐng)導(dǎo)小組。主要負(fù)責(zé)總體方案、重大事項和活動的審定。由水利部作領(lǐng)導(dǎo)小組組長單位，副組長由水利部、中科院、中國工程院主管副部（院）長擔(dān)任，成員包括水利部、中科院、工程院、國務(wù)院研究室、中財辦、國家發(fā)改委、財政部等有關(guān)司局領(lǐng)導(dǎo)、以及承辦單位領(lǐng)導(dǎo)。

2、成立專家指導(dǎo)委員會。主要負(fù)責(zé)技術(shù)方案的審查，戰(zhàn)略咨詢報告以及有關(guān)專業(yè)報告的審查，組織對重大科學(xué)與技術(shù)問題咨詢研討。專家指導(dǎo)委員會的成員作為專題考察組的技術(shù)顧問，參與并指導(dǎo)各組的實地考察。指導(dǎo)委員會由著名科學(xué)家組成，請全國政協(xié)原副主席錢正英院士任主任，孫鴻烈院士（中科院原副院長）、沈國舫院士（工程院副院長）、曲格平（人大環(huán)資委原主任）、陳佳貴（社會科學(xué)院副院長）、劉寧（水利部總工）為副主任，成員由中國科學(xué)院、中國工程院、社會科學(xué)院、水利部等單位的著名專家組成。

3、領(lǐng)導(dǎo)小組下設(shè)辦公室和綜合組。

辦公室主要負(fù)責(zé)處理日常事務(wù)，協(xié)調(diào)各組活動，統(tǒng)籌經(jīng)費(fèi)安排，聯(lián)系宣傳報道。辦公室主任由水利部水保司劉震司長和中科院資環(huán)局傅伯杰局長擔(dān)任，副主任由中科院資環(huán)局劉健副局長、水利部水保司張學(xué)儉副司長、中國工程院高中琪副局長擔(dān)任；辦公室工作人員由水保司，中國科學(xué)院資環(huán)局，中國工程院學(xué)部工作局，水利部水保監(jiān)測中心、水保植物管理中心及水保所派人組成。

綜合組主要負(fù)責(zé)制定綜合考察行動方案，編寫戰(zhàn)略研究報告。組長由中科院原副院長孫鴻烈院士擔(dān)任，副組長由中國工程院石玉林院士、水利部劉寧總工及中科院水利部水土保持研究所李銳所長擔(dān)任，成員由中央有關(guān)政策研究部門、社會科學(xué)院、農(nóng)林水及生態(tài)建設(shè)涉及的相關(guān)研究部門專家、水保所、監(jiān)測中心、各考察組組長組成。